Các mức lệ phí để đi qua kênh đào này do Cục quản lý kênh đào Panama quyết định và nó dựa trên kiểu và kích thước tàu cũng như loại hình hàng hóa chuyên chở [16].

Đối với các tàu côngtenơ, mức phí được tính theo "TEU" (đơn vị tương đương côngtenơ 20 ft), nó là kích thước của côngtenơ 20 ft tiêu chuẩn (20 ft x 8 ft x 8,5 ft hay 6 m x 2,4 m x 2,6 m). Có hiệu lực từ ngày 1 tháng 5 năm 2006, mức phí này là 49 USD/TEU. Người ta có kế hoạch nâng mức phí này thành 54 USD vào ngày 1 tháng 5 năm 2007. Một tàu côngtenơ Panamax có thể chuyên chở tới 4.400 TEU. Mức phí miễn giảm được tính cho các tàu côngtenơ khi chở "đồ dằn"; nghĩa là khi không có hàng (không có hành khách hoặc hàng hóa).

Phần lớn các kiểu tàu khác thanh toán phí theo tấn ròng PC/UMS, trong đó một "tấn" trên thực tế là tương đương với dung tích 100 phút khối (2,8 m³). Vào năm 2006, mức phí này là 2,96 USD/tấn đối với 10.000 tấn đầu tiên, 2,90 USD/tấn cho 10.000 tấn kế tiếp và 2,85 USD/tấn cho các tấn sau đó. Giống như đối với tàu côngtenơ, mức phí miễn giảm được dành cho các tàu chuyên chở "đồ dằn".

Các tàu nhỏ được thu phí theo chiều dài của chúng. Vào năm 2006, các mức phí này là:

Mức phí cao nhất để đi qua kênh đào cho tới nay được tính vào ngày 30 tháng 5 năm 2006 cho tàu côngtenơ Maersk Dellys với trị giá 249.165,00 USD để đi qua. Mức phí thấp nhất là 36 cent cho nhà thám hiểm người Mỹ Richard Halliburton khi ông này bơi qua kênh đào vào năm 1928[17]. Mức phí trung bình là 54.000 USD.